En 1960 fut inauguré l'aéroport de l'île de Porto Santo et pour la première fois Madère disposait de routes aériennes entre les deux îles, dont la liaison était déjà assurée par le transport maritime des ferry-boats « Lisbonense » et « Cedars ».
L'aéroport de Madère a été inauguré le 8 juillet 1964 avec une piste de 1 600 mètres de long. L'archipel de Madère a gagné de nouvelles liaisons avec le continent portugais, qui se faisaient jusqu'alors par bateau. Le premier atterrissage d'un avion sur l'île de Madère a eu lieu en 1957 sur une piste expérimentale à Santa Catarina.
En 1972, étant donné l'incapacité de la petite piste d'atterrissage à accueillir des avions capables d'amener le grand flux de touristes à la recherche de l'île de Madère, elle a commencé à être considérée comme une extension permettant de reconnaître les vols intercontinentaux. L'année suivante, elle ouvre un nouveau terminal, capable d'accueillir 500 000 passagers par an.
Entre 1982 et 1986, la piste a été allongée jusqu'à 1 800 mètres et la plate-forme de stationnement des avions a été agrandie. L'extension a été inaugurée le 1er février 1986.
Cependant, l'ingénieur António Tavares Segadães s'est adapté des études antérieures d'Edgar Cardoso et a prévu une nouvelle extension de la piste. Ainsi, le 15 septembre 2000 a eu lieu le prolongement de la voie à 2781 mètres. Celui-ci est en partie construit sur dalle au-dessus de la mer et repose sur 180 piliers.
Cette nouvelle piste est qualifiée pour recevoir des gros porteurs comme l'Airbus 340 ou le Boeing 747, qui était présent à l'ouverture de la piste le 15 septembre 2000, ainsi que presque tout type d'aviation civile, ou militaire. L'aéroport est la principale porte d'entrée pour les touristes de la région, ainsi que pour le courrier postal, le fret et d'autres services essentiels. C'est un aéroport international qui dessert également les vols intérieurs.
Le 23 juillet 2016, l'aéroport international de Madère a été renommé Aéroport de Madère – Cristiano Ronaldo