Contrairement à ce qui se passe dans d’autres îles européennes, les traces de l’histoire de Madère sont relativement récentes. Cela a également fasciné les visiteurs, comme l'écrivain Sacheverell Sitwell. En effet, il n’existe pas de vestiges préhistoriques ni de ruines de l’Antiquité classique. La présence de l'homme commence, à notre connaissance, avec l'arrivée des Portugais dans les principes du XVe siècle. Mais au-delà de l'échelle humaine et de l'histoire naturelle, le patrimoine de Madère est enviable.
L'un des joyaux hérités de ce passé lointain est la forêt préhistorique de la baie qui n'a survécu ici que jusqu'à la dernière période glaciaire. Grâce à l'isolement et au climat doux, continuent à prospérer ici des espèces qui, dans le reste du continent, n'existent désormais que sous forme fossile.
Madère possède l'une des végétations les mieux conservées de la Macaronésie. La flore indigène, appelée Paléarctique par les botanistes, s'apparente au nord-ouest de l'Europe, et les graines y ont été apportées par le vent, les oiseaux et les courants océaniques. Le sol est acide et pauvre en calcium et en potassium, mais riche en humus. Il existe plus de 150 espèces endémiques (plantes cultivées uniquement à Madère) mais, avec l'intensification des études, il est probable que ce nombre augmente. L'endémisme le plus connu est la godiera de Madère, une orchidée extrêmement fragile aux pétales blancs qui vit entre 300 et 800 mètres d'altitude.
Même si la superficie totale ne dépasse pas 737 km2, la biodiversité végétale est impressionnante. Près de la mer, là où se trouvent les terres agricoles, le temps est sec et chaud toute l'année, développant de nombreuses espèces herbacées dans les falaises maritimes.