La Réserve Naturelle des Îles Désertes est composée de la Deserta Grande, de l'Ilhéu Chão et du Bugio, et le statut de protection a été décidé en 1990, en raison de l'urgence de protéger le loup de mer le plus rare au monde, le phoque moine (Monachus monachus). . Située à 30 km au sud-est de Madère, la réserve couvre outre ces trois îles, une superficie de 9 672 hectares comprenant la zone sous-marine jusqu'à Ponta de São Lourenço, jusqu'à une profondeur de 150 m.
Les couleurs des îles varient du rouge à l'orange, le brun étant la tonalité dominante. Pour prouver leur origine volcanique, il existe de vastes manteaux de basalte. Ils n’ont jamais été colonisés en raison du manque d’eau potable et des caractéristiques du terrain inhospitalier. Il y a eu cependant quelques tentatives d'installation de personnes, car il existe des documents confirmant qu'au XVIe siècle on a commencé à cultiver des céréales à Deserta Grande pour nourrir le bétail qui y était introduit. L'histoire de ces îles fait partie d'une bataille survenue en 1564 entre un groupe de pasteurs et Deserta Grande et une bande de 80 pirates, qui, vaincus, durent se retirer. Au fil des siècles, l'île a appartenu à diverses familles madériennes, après avoir été achetée en 1971 par la famille d'État portugaise Rocha Machado.
Le peu de végétation est essentiellement herbacée, même si l'introduction temporaire du bétail a dévasté une partie de la végétation, laissant place à l'érosion. Quoi qu’il en soit, il existe deux cents espèces de plantes enregistrées.
Outre le phoque moine, d’autres animaux sont dignes de mention. Ces îles sont un centre important pour la nidification des oiseaux marins tels que le puffin cendré, le roque de castro, l'âme noire et le rare pétrel de Fea, qui n'existent que sur l'île de Bugio et au Cap-Vert. Les oiseaux résidents comprennent le canari du sol, les pistes d'atterrissage, la mouette, la couverture, la crécerelle et la chouette. Concernant les insectes, la tarentule-du-désert est endémique à Deserta Grande.
Situées à environ 300 km au sud de Funchal, les îles Selvagens sont plus proches des îles Canaries que Madère. Ils ont été officiellement découverts par l'explorateur portugais Diogo Gomes au XVe siècle. Dans le cas d'une véritable réserve ornithologique, ces îles ne peuvent être visitées sans autorisation, une surveillance permanente étant existante contre les braconniers.
L'île Big Selvagem est plate, bien qu'elle présente des falaises qui s'élèvent à 100 mètres au-dessus du niveau de la mer. Le climat est marin subtropical, avec des vents du nord-est apportant de l'air chaud et même du sable du désert du Sahara. La Petite Île Selvagem et l'Ilhéu de Fora sont toutes deux des vestiges de pics volcaniques sous-marins, vieux de 27 millions d'années, aujourd'hui presque entièrement recouverts de calcaire sablonneux.
Le manque d'eau potable fit avorter toutes les tentatives de colonisation de ces îles. Les vestiges de murs encore visibles sur l'île Big Selvagem sont le signe de cet effort. L'introduction des chèvres et des lapins au XVe siècle a eu des effets dévastateurs sur la végétation.
Pendant des siècles, l'île Big Selvagem a assuré de gros revenus à ses propriétaires grâce au commerce de l'urzela et des lichens utilisés dans la teinture et la fabrication du savon. La pêche et la salaison du poisson, ainsi que la chasse au puffin, vendu pour sa viande et ses plumes, avaient également une importance économique. En 1971, les îles furent achetées par l'État portugais, avec les îles désertes, et transformées plus tard en réserve naturelle, l'un des plus grands sanctuaires d'oiseaux marins au monde.
L'un des principaux partisans des îles Selvagens était Alec Zino, écologiste et ornithologue né à Madère. En son honneur, il a été nommé l’un des oiseaux les plus rares d’Europe, le Pétrel de Zino ou Pétrel de Zino. Après avoir accompagné une expédition scientifique aux îles Selvagens en 1963, Alec Zino est impressionné par les ravages commis par les braconniers. Il achète donc les droits de pêche et de chasse sur ces îles. Jusqu'à sa mort en 2004, Zino a contribué à la protection et à l'étude des colonies d'oiseaux marins, en construisant à cet effet la première demeure des Selvagen.
Le Parc Naturel de Madère consacre le rôle vital que joue la Réserve Naturelle des Îles Selvagens pour la protection d'importantes zones de nidification d'oiseaux marins rares, la protection de la flore aux espèces uniques et le maintien des stocks de poissons dans cette zone de l'Atlantique. Les oiseaux marins comprennent une colonie de puffins comptant plus de 14 000 couples et une autre de roques de castro à face blanche, comptant 40 000 couples. Il y a encore le calamar, le poussin, la sterne noire et le rare rosé.
La végétation de l'île Petite Selvagem et de l'Ilhéu de Fora est intacte, car il n'y a jamais eu de présence humaine ni d'introduction de bétail. Ceci est particulièrement intéressant d’un point de vue botanique. En tout, on y trouve 11 plantes endémiques.
Les îles Selvagens sont également liées à la légende d'un trésor perdu, caché ici par le célèbre capitaine Kidd. En 1701, ce pirate écossais attaqua un galion espagnol chargé des richesses de la cathédrale péruvienne de Lima, mais dut cacher en toute hâte dans les îles Selvagens le retrait du produit. Au cours du XIXe siècle, au moins quatre expéditions tentèrent de retrouver ce trésor. En 1923, l'explorateur anglais Sir Ernest Shackleton vint à Funchal disant qu'il disposait d'informations fournies par la marine britannique concernant l'emplacement de ce trésor. Il a ensuite demandé au propriétaire des îles Selvagens, Luís Rocha Machado, la permission de lancer des recherches au retour de son voyage au pôle Sud. Comme il mourut au cours de cette expédition, le secret, s'il y en avait, fut perdu avec lui.
Actuellement les seules visites autorisées aux îles Selvagens sont scientifiques et visent à approfondir l'étude de la botanique, de la faune et de la géologie de ces îles.