Le musée des baleines a ouvert ses portes au public en 1989 dans le village de pêcheurs de Caniçal. Le musée se concentre sur l'histoire de la chasse à la baleine dans les mers de l'archipel de Madère.
Dans sa dernière incarnation dans un nouvel espace depuis septembre 2011, le musée contient une importante collection ethnographique qui récupère des ustensiles et des expériences passées, documentant rigoureusement l'histoire de la chasse à la baleine à Madère tout au long du 20e siècle.
La mission principale du musée est la préservation du patrimoine et des connaissances historiques sur la chasse à la baleine à Madère, la diffusion des connaissances sur les cétacés et l'océan.
Le musée est organisé en unités fonctionnelles.
L'unité scientifique dispose de bureaux et de laboratoires, d'un dépôt pour les collections biologiques de référence, d'une salle de nécropsie, de chambres froides et d'une chambre de congélation pour les animaux. Dans cette unité, les biologistes travaillent sur des projets de recherche scientifique.
Il y a aussi la section des services éducatifs qui propose du matériel pédagogique sur la mer et la vie marine.
L'unité commerciale et marketing comprend un ensemble d'espaces avec des fonctions commerciales et publicitaires pour la mission du musée.
Enfin, l'Unité Muséologie et Histoire contient des salles d'expositions permanentes avec deux espaces thématiques: "L'histoire de la chasse à la baleine à Madère" et "Les cétacés et la vie marine". Cette unité est responsable du dépôt des collections muséologiques, de l'entretien des artefacts et de la collecte de nouveaux éléments du patrimoine.
Le musée présente également des modèles grandeur nature de baleines et de dauphins et des films 3D stéréoscopiques. Vous pouvez également faire une visite virtuelle au Musée des baleines et voir les expositions qui s'y trouvent.