Das Walmuseum wurde 1989 im Fischerdorf Caniçal der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Das Museum konzentriert sich auf die Geschichte des Walfangs in den Meeren des Archipels von Madeira.
In seiner jüngsten Inkarnation in einem neuen Raum seit September 2011 enthält das Museum eine wichtige ethnografische Sammlung, die Utensilien und vergangene Erfahrungen abruft und die Geschichte des Walfangs auf Madeira im Laufe des 20. Jahrhunderts genau dokumentiert.
Die Hauptaufgabe des Museums ist die Bewahrung des Erbes und des historischen Wissens über den Walfang auf Madeira sowie die Verbreitung des Wissens über Wale und den Ozean.
Das Museum ist in funktionale Einheiten unterteilt.
Die Wissenschaftsabteilung verfügt über Büros und Labors, eine Kaution für die biologischen Referenzsammlungen, einen Autopsieraum, Kühlräume und eine Gefrierkammer für Tiere. In dieser Abteilung arbeiten Biologen an wissenschaftlichen Forschungsprojekten.
Es gibt auch den Bereich Bildungsdienstleistungen, der Lehrmaterialien zum Meer und zum Meeresleben enthält.
Die Handels- und Marketingabteilung umfasst eine Reihe von Räumen mit Handels- und Werbefunktionen für die Mission des Museums.
Schließlich enthält die Abteilung Museologie und Geschichte permanente Ausstellungsräume mit zwei Themenbereichen: "Die Geschichte des Walfangs auf Madeira" und "Die Wale und das Meeresleben". Diese Einheit ist verantwortlich für die Hinterlegung museologischer Sammlungen, die Pflege von Artefakten und das Sammeln neuer Elemente des Kulturerbes.
Das Museum zeigt auch lebensgroße Modelle von Walen und Delfinen sowie stereoskopische 3D-Filme. Sie können auch das Walmuseum virtuell besuchen und die dortigen Exponate besichtigen.