Als die ersten Siedler auf Madeira ankamen, waren die einzigen Säugetiere, die sie fanden, Fledermäuse. Eine davon ist endemisch: die Madeira-Fledermaus. Alle anderen Landsäugetiere, vom Kaninchen bis zur Ratte, vom Pferd bis zur Ziege, von der Kuh bis zum Hund, wurden vom Menschen eingeführt. Von den rund 3300 katalogisierten Wirbellosenarten, die meisten Schnecken oder mikroskopisch kleine Insekten, kommen fast dreißig Prozent nur auf Madeira vor.
Auf dem Archipel wurden 42 Vogelarten identifiziert, von denen neun endemisch sind. Die Inseln sind Teil von zwei der größten Seevogelschutzgebiete der Welt: den Desertas- und den Selvagens-Inseln, die für ihre Nistplätze von entscheidender Bedeutung sind. Der Freira-da-Madeira, ein äußerst seltener Vogel, der als ausgestorben galt, wurde 1969 dank der Arbeit des örtlichen Ornithologen Alec Zino wiederentdeckt. Seine Beobachtungen, ergänzt durch DNA-Analysen, zeigten, dass es sich um eine andere Art von Fea-Sturmvogel handelte. Es wurde als Freira-da-Madeira oder Zino-Sturmvogel bekannt. Dieser kleine schwarz-weiße Meeresvogel paart sich in den zentralen Bergen der Insel und legt nur ein Ei pro Jahr. Es wird geschätzt, dass die Population auf 40 Paare begrenzt ist, da es sich hierbei um eine der Arten handelt, bei denen beide Partner ihr Leben lang treu bleiben.
Die Madeira-Taube kommt nur im Lorbeerwald vor, die Gesamtpopulation wird auf 10.300 Individuen geschätzt. Ebenso interessant sind der Swallow-the-Mountain, der Runway, der Calcamar, der Buchfink, das Sommergoldhähnchen und der Cigarette. Ein paar Amphibien und Reptilien, mit Ausnahme der auf Madeira heimischen Eidechsen, kommen in den Gärten von Funchal sehr häufig vor.
Die Gewässer Madeiras sind ein Paradies für Meeressäugetiere. Am bekanntesten ist die Mönchsrobbe, auch Steinbeißer genannt. Die Volkszählungspopulation wird die halbe Tausend Tiere, die von der Nordwestküste Afrikas bis nach Madeira verteilt sind, nicht überschreiten. Eine Kolonie von mehr als 20 Mitgliedern lebt im Naturschutzgebiet Desertas und unternimmt häufige Streifzüge zur Ponta de São Lourenço. Hier leben Delfine verschiedener Arten und man kann in diesen Gewässern 18 Walarten beobachten.
Das Naturschutzgebiet Garajau liegt östlich von Funchal und nimmt eine Meeresfläche von über 376 Hektar ein. Außerdem kann man in diesem reinen Schutzgebiet Buntmuränen, Gartenaale, Rochen oder Schildkröten beobachten. Mit kristallklarem Wasser ist es ein großartiger Ort zum Tauchen und Entdecken des Meereslebens.
Viele Liebhaber des Hochseefischens strömen nach Madeira, um Marlin, Blau- oder Rekordthunfisch zu fangen, deren Gewicht 300 kg übersteigt. Von Mai bis September bringen Boote und Privatjets Dutzende Fischer dorthin, die sich für den Reichtum dieser tiefen Gewässer des Atlantiks interessieren. Mehrmals wurde auf Madeira die prestigeträchtige Welt des Fischens von Premium-Blauen Marlinen gewonnen. Andere Arten, die von Liebhabern des Hochseefischens sehr geschätzt werden, sind der Weiße Marlin, der Schwertfisch, die Indische Makrele, der Rabilha, der Großaugenthun, der Weiße Marlin, der Echte Bonito und der Barrakuda.
Die meisten Fischer schlossen sich dem System „Tag and Release“ an und brachten den Marlin-Blue ins Meer zurück, nachdem sie mit dem entsprechenden Etikett gepunktet hatten. Nehmen Sie an einer Expedition zum Friedfischangeln teil und nutzen Sie ein für diesen Sport vorbereitetes Boot. Es ist ein aufregendes Erlebnis. Es braucht viel Geduld und Einfallsreichtum, um einen prächtigen Blauen Marlin zu fangen, aber selbst wenn das nicht gelingt, ist das Abenteuer außergewöhnlich.