El Museo de la Ballena abrió al público en 1989 en el pueblo pesquero de Caniçal. El museo se centra en la historia de la caza de ballenas en los mares del archipiélago de Madeira.
En su más reciente encarnación en un nuevo espacio desde septiembre de 2011, el museo contiene una importante colección etnográfica que recupera utensilios y experiencias pasadas, documentando rigurosamente la historia de la caza de ballenas en Madeira a lo largo del siglo XX.
La principal misión del museo es la preservación del patrimonio y el conocimiento histórico sobre la caza de ballenas en Madeira, la difusión del conocimiento sobre los cetáceos y el océano.
El museo está organizado en unidades funcionales.
La Unidad de Ciencias cuenta con oficinas y laboratorios, depósito para las colecciones biológicas de referencia, sala de necropsias, cámaras frigoríficas y cámara congeladora para animales. En esta unidad, los biólogos trabajan en proyectos de investigación científica.
También está la sección de Servicios Educativos que cuenta con materiales didácticos sobre el mar y la vida marina.
La Unidad Comercial y de Marketing incluye un conjunto de espacios con funciones comerciales y publicitarias para la misión del museo.
Finalmente, la Unidad de Museología e Historia contiene salas de exposición permanente con dos áreas temáticas: "La Historia de la Caza de Ballenas en Madeira" y "Los cetáceos y la vida marina". Esta unidad se encarga de depositar las colecciones museológicas, cuidar los artefactos y recolectar nuevos elementos patrimoniales.
El museo también exhibe modelos de tamaño natural de ballenas y delfines y películas estereoscópicas en 3D. También puedes hacer una visita virtual al Museo de las Ballenas y ver las exhibiciones que allí se encuentran.