En 1960 se inauguró el aeropuerto de la isla de Porto Santo y por primera vez Madeira dispuso de rutas aéreas entre las dos islas, cuya conexión ya estaba asegurada por los gastos de envío de los transbordadores “Lisbonense” y “Cedros”.
El aeropuerto de Madeira fue inaugurado el 8 de julio de 1964 con una pista de 1.600 metros de largo. El archipiélago de Madeira consiguió nuevas conexiones con el continente portugués, que hasta entonces se realizaban por barco. El primer aterrizaje de un avión en la isla de Madeira se produjo en 1957 en una pista experimental en Santa Catarina.
En 1972, ante la incapacidad de la pequeña pista para recibir aviones capaces de traer el gran flujo de turistas que buscaban la isla de Madeira, se empezó a considerar una ampliación para permitir reconocer vuelos intercontinentales. Al año siguiente, abrió una nueva terminal, capaz de recibir 500.000 pasajeros al año.
Entre 1982 y 1986 se amplió la pista hasta los 1.800 metros, y se procedió a la ampliación de la plataforma de estacionamiento de aviones. La ampliación fue inaugurada el 1 de febrero de 1986.
Sin embargo, el ingeniero António Tavares Segadães adaptó estudios anteriores de Edgar Cardoso y planificó una nueva ampliación de la pista. Así, el 15 de septiembre de 2000 se llevó a cabo la ampliación de vía hasta los 2.781 metros. Éste está construido en parte sobre losa sobre el mar, basándose en 180 pilares.
Esta nueva pista está habilitada para recibir aviones de gran tamaño como el Airbus 340 o el Boeing 747, que estuvo presente en la inauguración de la pista el 15 de septiembre de 2000, así como casi cualquier tipo de aviación civil o militar. El aeropuerto es la principal puerta de entrada para los turistas de la región, así como para el correo postal, la carga y otros servicios esenciales. Es un aeropuerto internacional que también sirve vuelos nacionales.
El 23 de julio de 2016, el Aeropuerto Internacional de Madeira pasó a llamarse Aeropuerto de Madeira – Cristiano Ronaldo