La Reserva Natural de las Islas Desiertas está formada por la Deserta Grande, el Ilhéu Chão y el Bugio, y el estatus de protección se decidió en 1990, debido a la urgencia de proteger al pez lobo más raro del mundo, la foca monje (Monachus monachus). . Situada a 30 km al sureste de Madeira, la reserva cubre, además de estas tres islas, una superficie de 9.672 hectáreas, incluida la zona submarina hasta Ponta de São Lourenço, a una profundidad de 150 m.
Los colores de las islas varían del rojo al naranja, siendo el marrón el tono dominante. Para comprobar su origen volcánico, existen extensos mantos basálticos. Nunca fueron colonizados debido a la falta de agua potable y las características inhóspitas del terreno. Hubo, sin embargo, algunos intentos de instalar gente, ya que hay documentos que confirman que en el siglo XVI llegó a cultivarse cereal en Deserta Grande para alimentar al ganado que aquí entraba. La historia de estas islas es parte de una batalla ocurrida en 1564 entre un grupo de pastores de Deserta Grande y una banda de 80 piratas, que, vencidos, tuvieron que retirarse. A lo largo de los siglos, la isla perteneció a varias familias madeirenses y fue comprada en 1971 por la familia estatal portuguesa Rocha Machado.
La escasa vegetación es mayoritariamente herbácea, aunque la introducción temporal de ganado ha arrasado una parte de la vegetación, dando paso a la erosión. En cualquier caso, hay doscientas especies de plantas registradas.
Además de la foca monje, hay otros animales dignos de mención. Estas islas son un importante centro de anidación de aves marinas como la pardela cenicienta, el enroque de castro, el alma negra y el raro petrel de Fea, que sólo existe en la isla de Bugio y Cabo Verde. Entre las aves residentes se encuentran el canario terrestre, el corredor, la gaviota, la manta, el cernícalo y el búho. En cuanto a los insectos, la tarántula-del-desierto es endémica en Deserta Grande.
Situadas a unos 300 km al sur de Funchal, las Islas Salvajes están más cerca de las Islas Canarias que Madeira. Fueron descubiertos oficialmente por el explorador portugués Diogo Gomes en el siglo XV. Tratándose de un auténtico santuario de aves, estas islas no pueden visitarse sin autorización, existiendo vigilancia permanente contra cazadores furtivos.
La Isla Grande Selvagem es plana, aunque tiene acantilados que se elevan hasta 100 metros sobre el nivel del mar. El clima es marino subtropical, con vientos del noreste que traen aire cálido e incluso arena del desierto del Sahara. La Pequeña Isla Selvagem y el Ilhéu de Fora son restos de picos volcánicos submarinos, con 27 millones de años, ahora casi en su totalidad cubiertos por arena calcárea.
La falta de agua potable hizo fracasar todos los intentos de colonizar estas islas. Muestra de este esfuerzo son los restos de murallas aún visibles en la Isla Grande de Selvagem. La introducción de cabras y conejos en el siglo XV tuvo efectos devastadores sobre la vegetación.
Durante siglos, la Isla Grande Selvagem aseguró grandes ingresos a sus propietarios gracias al comercio de urzela y líquenes utilizados para teñir y fabricar jabón. También tenían importancia económica la pesca y la salazón del pescado, así como la caza de pardelas, vendidas por su carne y sus plumas. En 1971, las islas fueron compradas por el Estado portugués, junto con las Islas Desiertas, y luego se convirtieron en una reserva natural, uno de los mayores santuarios de aves marinas del mundo.
Un gran defensor de las Islas Salvajes fue Alec Zino, conservacionista y ornitólogo nacido en Madeira. En su honor fue nombrada una de las aves más raras de Europa, el petrel de Zino o petrel de Zino. Después de acompañar una expedición científica a las Islas Salvajes en 1963, Alec Zino quedó impresionado por los estragos cometidos por los cazadores furtivos. Entonces compró los derechos de pesca y caza en estas islas. Hasta su muerte en 2004, Zino ayudó a proteger y estudiar las colonias de aves marinas, construyendo para ello el primer hogar de los salvajes.
El Parque Natural de Madeira consagra el papel vital que tiene la Reserva Natural de las Islas Salvajes para la protección de importantes áreas de anidación de aves marinas raras, la protección de la flora con especies únicas y el mantenimiento de las poblaciones de peces en esta zona del Atlántico. De aves marinas destaca una colonia de pardelas con más de 14.000 parejas y otra de roques de cara blanca, con 40.000 parejas. Todavía quedan el calcamar, el polluelo, el charrán negro de alma y el raro rosado.
La vegetación en la Isla Pequeña Selvagem y en Ilhéu de Fora está intacta, ya que nunca ha habido presencia humana ni introducción de ganado. Esto es particularmente interesante desde el punto de vista botánico. En total, aquí hay 11 plantas endémicas.
Las Islas Salvajes también están ligadas a la leyenda de un tesoro perdido, escondido aquí por el famoso Capitán Kidd. En 1701, este pirata escocés atacó un galeón español cargado con las riquezas de la Catedral peruana de Lima, pero tuvo que esconder apresuradamente en las Islas Salvajes el retiro del producto. Durante el siglo XIX, al menos cuatro expediciones intentaron encontrar este tesoro. En 1923, el explorador inglés Sir Ernest Shackleton llegó a Funchal diciendo que la marina británica le había proporcionado información sobre la ubicación de este tesoro. Luego pidió permiso al dueño de las Islas Salvajes, Luís Rocha Machado, para iniciar búsquedas cuando regresaba de su viaje al Polo Sur. Como murió durante esta expedición, el secreto, si lo hubo, se perdió con él.
Actualmente las únicas visitas autorizadas a las Islas Salvajes son científicas y tienen como objetivo profundizar en el estudio de la botánica, la fauna y la geología de estas islas.