O Museu da Baleia abriu ao público em 1989 na vila piscatória do Caniçal. O museu foca-se na história da caça à baleia nos mares do arquipélago da Madeira.
Na sua mais recente encarnação num novo espaço desde Setembro de 2011, o museu contém um importante acervo etnográfico que recupera utensílios e vivências passadas, documentando de forma rigorosa a história da caça à baleia na Madeira ao longo do século XX.
A principal missão do museu é a preservação do património e o conhecimento histórico sobre a caça à baleia na Madeira, a divulgação de conhecimento sobre cetáceos e o oceano.
O museu está organizado em unidades funcionais.
A Unidade de Ciências tem gabinetes e laboratórios, um depósito para as coleções biológicas de referência, sala de necrópsias, câmaras frigoríficas e câmara congeladora para animais. Nesta unidade trabalham biólogos em projetos de investigação científica.
Há também a parte de Serviços educativos que dispõem de materiais didáticos sobre o mar e a vida marinha.
A Unidade Comercial e de marketing contempla um conjunto de espaços com funções comerciais e de divulgação da missão do museu.
Por fim, a Unidade de Museologia e História contém salas de exposição permanente com duas áreas temáticas: "A História da Caça à Baleia na Madeira" e a "Os cetáceos e a vida marinha". Esta unidade é responsável pelo depósito de coleções Museológicas zelando pelos artefactos e recolhendo novos elementos patrimoniais.
O museu exibe ainda modelos de baleias e golfinhos em tamanho real e filmes 3D estereoscópicos. Pode ainda fazer uma visita virtual ao Museu da Baleia e conhecer as exposições que lá se encontram.