O museu de Arte Sacra está situado no antigo Paço Episcopal, um edifício do século XVI, fundado por D. Luís Figueiredo de Lemos e conceptualizado por Jerónimo Jorge, mestre de obras reais, que contribuiu também para as defesas da cidade do Funchal. Aqui esteve o Paço Episcopal até 1910, sendo de 1914 a 1943 o Liceu do Funchal esteve instalado no local. Após a data de 1950, com a saída do Liceu, o antigo Paço começou a ser transformado e adaptado para instalação do Museu Diocesano.
O Museu de Arte Sacra foi oficialmente fundado em 1955. O museu contém coleções de pintura, escultura, ourivesaria e paramentaria, datadas do período entre os séculos XV e XIX.
O espólio foca-se principalmente na Arte Flamenga, com pintura, escultura e ourivesaria, datável entre o fim do século XV e os primeiros anos do século XVI e na Arte Portuguesa, do período entre o século XV e o século XVIII.
Na parte dedicada à Arte Flamenga, nomeadamente na pintura, destacam-se os conjuntos retabulares da Descida da Cruz, atribuído a Gérard David, São Tiago, atribuído a Dieric Bouts, Adoração dos Reis Magos atribuído ao Mestre da Adoração de Machico, A Anunciação e o Tríptico de São Pedro, São Paulo e Santo André, atribuídos a Joos Van Cleve, ou Maria Madalena, os Volantes do Tríptico da Matriz da Calheta atribuídos a Jan Provoost e o Tríptico de Santiago Menor e São Filipe, atribuídos a Pieter de Coeck Van Aelst.
Da parte dedicada à Arte Portuguesa é dada particular relevância ao quadro Ecce Homo e a Ascensão de Cristo atribuído a Fernão Gomes e datados do século XVI.
Porventura a parte mais conhecida do museu é a valiosa coleção de escultura flamenga proveniente especialmente de Malines e de Antuérpia e os quadros de grandes dimensões dos séculos XV e XVI.
A coleção de ourivesaria, com origem nos séculos XVI, XVII, XVIII e XIX, é de renome, nomeadamente a cruz processional de Água de Pena, datada do século XV, uma bandeja e um cálice com punção de Antuérpia, do século XVI, assim como a cruz processional, oferta de D. Manuel I à Sé do Funchal.
No núcleo dos paramentos, a maioria bordados a ouro e a matiz, destaca-se a casula bordada a ouro sobre lhama de ouro da Sé do Funchal.
Há também um espaço arquitetónico, a Torre Varanda Mirante construída com o intuito de observação dos navios que chegavam e saiam da baía do Funchal. A Torre do edifício do Museu de Arte Sacra do Funchal foi desta forma um espaço vocacionado para o repouso e contemplação da paisagem, principalmente pelos bispos que lá viviam ainda no tempo em que o edifício era o Paço Episcopal. Na varanda existe um painel azulejar azul e branco, típico do período de produção das oficinas de Lisboa, da segunda parte século XVIII, com a representação alegórica das Três Virtudes "Teologais": Fé, Esperança e Caridade.
O valor do bilhete é de 7€, havendo ofertas especiais para grupos, nomeadamente para professores, alunos e profissionais de turismo.