Le Musée d'Art Sacré est situé dans l'ancien Paço Episcopal, un bâtiment du 16ème siècle, fondé par D. Luís Figueiredo de Lemos et conceptualisé par Jerónimo Jorge, maître des travaux royaux, qui a également contribué aux défenses de la ville de Funchal. Le palais épiscopal était là jusqu'en 1910, et de 1914 à 1943 le Liceu do Funchal a été installé sur le site. Après la date de 1950, avec le départ du Liceu, l'ancien palais a commencé à être transformé et adapté pour l'installation du musée diocésain.
Le Museu de Arte Sacra a été officiellement fondé en 1955. Le musée contient des collections de peintures, sculptures, bijoux et robes religieuses, datant de la période du XVe au XIXe siècle.
Le domaine se concentre principalement sur l'art flamand, avec la peinture, la sculpture et les bijoux, datés entre la fin du XVe siècle et les premières années du XVIe siècle et l'art portugais, de la période du XVe au XVIIIe siècle.
Dans la partie consacrée à l'art flamand, à savoir en peinture, se détachent les retables de la Descente de croix, attribués à Gérard David, São Tiago, attribués à Dieric Bouts, Adoration des mages attribuée au maître de l'adoration de Machico, L'Annonciation et le Triptyque de São Pedro, São Paulo et Santo André, attribués à Joos Van Cleve, ou Maria Madalena, les Flyers du Triptyque de la Matrice Calheta attribués à Jan Provoost et le Triptyque de Santiago Menor et São Filipe, attribués à Pieter de Coeck Van Aelst.
La partie consacrée à l'art portugais accorde une importance particulière au tableau Ecce Homo et à l'Ascension du Christ attribué à Fernão Gomes et datant du XVIe siècle.
La partie la plus connue du musée est peut-être la précieuse collection de sculptures flamandes, en particulier de Malines et d'Anvers, et les grandes peintures des XVe et XVIe siècles.
La collection de bijoux, originaire des XVIe, XVIIe, XVIIIe et XIXe siècles, est réputée, à savoir la croix processionnelle d'Água de Pena, datée du XVe siècle, un plateau et un calice avec un poinçon d'Anvers, du XVIe siècle, ainsi que la croix processionnelle, offerte par D. Manuel I à la cathédrale de Funchal.
Au cœur des vêtements, la plupart brodés d'or et de teinte, la chasuble brodée d'or sur le lama d'or de la cathédrale de Funchal se démarque.
Il y a aussi un espace architectural, la Torre Varanda Mirante construite avec l'intention d'observer les navires arrivant et quittant la baie de Funchal. La tour de l'édifice du Museu de Arte Sacra do Funchal était ainsi un espace consacré au repos et à la contemplation du paysage, principalement par les évêques qui y vivaient même lorsque l'édifice était le palais épiscopal. Sur le balcon, il y a un panneau de carreaux bleu et blanc, typique de la période de production des ateliers de Lisbonne, de la deuxième partie du XVIIIe siècle, avec la représentation allégorique des trois vertus "théologiques": la foi, l'espoir et la charité.
Le prix du billet est de 3 €, avec des offres spéciales pour les groupes, notamment pour les enseignants, les étudiants et les professionnels du tourisme.